是否該從何定課稅到發票 - 會計

各位大家好
本來我們的商行是用"核定課稅"的方式
而且屬於小額營業人未達稽徵點(本來只是做簡單的網路拍賣，所以營業額很少)
後來有試著接政府採購中人力外包的的工作
變成了營業額看起來很多，但是事實上管理利潤一個月頂多三四千塊

最近有個招標單位居然為難我們沒有"納稅證明"(公司三四月才成立，
當初稽核單位也覺得我們營業額不高所以說過今年應該不會課稅)(已在申請異議中)

現在我想問的是:
1.如果營業額大，利潤低的公司，用核定課稅的方式是否會不划算
2.因為成立這個公司也只是副業，如果要轉型成便每個月作帳，其實營收並不高
，是否可以自己做帳(報稅一定要請會計師嗎)

謝謝喔

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