會計製造業作帳問題？ - 工作

我剛換工作，是製造業的會計，沒人和我交接，只有一位經理很「大概」的跟我說一下，就要我做完所有的事，我們的公司是用鼎新workflow erp gp的系統，以前從來沒用過，覺得很陌生，重點是要算成本，「大概」的跟我說一下，我根本就摸不著頭緒，有誰可以跟我說一下流程嗎？那位經理在別的地方上班，我根本不能問她，因為她很忙，而且常往大陸跑，電話不會通，同事沒有一位有接觸會計這方面。而且我現在要自己報稅，有些地方都不太熟，目前有幾個問題？
1.鼎新workflow erp gp的計算成本流程，要注意的事項？
2.零稅率要開二聯式發票嗎？因為她有開，可是401表中是填在零稅率的部份，二聯式發票金額為零，但是只有這一期，前幾期的人(不同人報)，二聯式發票卻沒開？
3.現在我系統中外銷與內銷的金額大概各一半一半，可是我大概算一下，和401的金額有誤差，怎麼辦？有出口報單就有申報零稅率，可是有的外銷銷貨單卻沒有出口報單，有出口報單卻沒銷貨單，不知道為什麼？總之，有出口報單的就有申報，所以沒有漏報的問題，但卻和我系統的銷貨金額不合。
4.我們從7-8月開始改用網路申報(我九月底才上班)，用網路申報，進項憑證還需要用國稅局的進項憑證封面，依稅額500為限分冊裝訂嗎？
我覺得我被孤立了，什麼都不知道，卻沒人可以問，其他人也不知道？
Update:
我剛剛在整理資料，發現了一張8月31日的出口報單，沒申報，放在9月的報單中，需要補申報嗎？
Update 2:
直接補寫一張401申報書，附上零稅率清單是嗎？
需要附上出口報單嗎？那可以退稅嗎？
因為系統中的銷貨日是9/1，那這樣的話，我的銷貨收入一定對不起來呀！