車禍業務過失傷害刑責等相關問題 - 醫生

我在今年四月駕駛公司大貨車與一名機車騎士擦撞，當時為行徑同一方向，至T自路口，我要右轉對方要左轉，發生擦撞，對方腳受傷(挫傷，骨折)，案發後馬上辦出險，但因對方以傷勢未好不知要索賠多少而擱置，過了半年，因為對方怕過了時效提出調解，調解時傷勢未好，而又提出傷害告訴，以開完偵查庭，我被起訴，對方除了醫院收據以外還有大部分的民間營養食品等醫生未開立的藥物多達三十幾萬(不包含保險可以申請的)，就是說要我拿三十幾萬出來，不然連我老闆也要告，請問可以告我老闆嗎，還有當時只有問我是不是有過失而沒有問對方，是直接認定我的過失嗎，庭上也說那些偏方是不可能會判賠的，只會賠醫院和醫生開例證明單據部份。
如果我再提出調解，對方還是不肯和解，堅持要拿到全數賠償(包括沒證明的部分 )，而我有辦法在後面提出雙方都有過失嗎(有申請現場事故圖和初步分析研判表，研判表寫雙方都有駕駛疏忽 )，如果不行，我被判過失傷害的話，我是只要依法院判決賠償完和付完刑責就沒事了嗎，還是還要在賠其他的呢？