勞資有糾紛...請告知如何處理.... - 工作

我在98年12月22日到某家便利商店上班.任職正職門市人員.而老闆前三個月未幫員工參加勞健保.滿三個月後才加保..(每個員工都是如此)
99年5月有位員工因當班結帳後發現短少9952元...老闆只幫他觀看影帶並未幫她找出任何問題點出來...就扣了這金額..而這位員工也因為該事情而離職...在她離職時又被扣了將近4000元...因為老闆說未滿3個月要扣回來...就是一個月有3000的類似全勤獎金給我們...但他的全勤是要3個月時間才有
因99年5月開始店裡因員工缺少一人而從三班制暫時轉為二班制.一天上12小時也沒有任何休假.而老闆有向別家店借人員上班.但借來的人不是讓我休假而是讓他自己休假....一個月六天..而我完全沒得休....給薪也只給1小時100元...上了近半年才又轉為10小時....
在99年11月開始雙腳因先前的長時間站立導致發炎腫脹無法走路上班....請假老闆的老婆就不爽....中間也發生了很多他老婆在店裡的問題....所以今年3月份底我提離職了....幫他上到4/15請他另請高明....但我因雙腳發炎問題而無法幫他上到4/15....我在4/1上完就開始請假了....
在5/4傳簡訊給老闆跟他算該發的薪資...順提前3個月未保勞健保應補還我們應有的金額以及他每個月只幫我保11000的金額卻扣我500/月...等於每個月多扣我80元的費用...總共是15000多....而對方卻為難要我早上去領薪....我已告知他我要上班...只有晚上時間才有空領薪....對方卻說"錢只有早上10點才會在店裡.其他時間一律帶走"
我在5/5晚上還是請人過去帶領薪...(有帶本人印章過去)...對方要我簽7大協議書....第一:先前有補遲到費用每月1000元是多的要追回...第二:先前每月有發給作帳費用1000是多餘的要追回(實際上只有500)...等等的協議書.....當然就走人沒領....當晚8:30他老婆傳來簡訊要我們再去領一次並且不會要我們簽協議書了....只要我簽我領的名細單....最後我還是沒答應要簽....後來對方也說要跟我約時間拿給我...但我給時間跟地點了也沒出現.....
至5/17對方並未有意要發薪給我...我申請了勞檢所....在5/20幾時有發文來...告知已分案處理...到目前也尚未有消息....
請問：這些問題我是否直接發存信給他們...不處理我在去法院申請支付命令再申請強制執行呢?還有依這樣的案件對方已違法了那些勞基法的法條呢?對方告知說他覺得他站的住腳....並且現在便利商店沒人員一到職就加保的這問題~!!???(公司人員才3個....)
Update:
我一個月薪資21000以上....但勞保部份只保11000.....而去年我領薪30萬....申報卻只申保130000...這樣是否可檢舉店家.....我沒有薪轉只領現...也沒有薪資條...但我領現都有存銀行...並每個月都有計帳....我領薪時店家也給我簽薪資申報表.....他申報時低報....那是否也涉及僞造文書呢???
Update 2:
我有請教是跟我說可以提刑法告他登載事實不符.這部份是走到最後對方不處理再去提告.我昨天打電話去勞檢所問案件.勞檢所告知我他們有去公司訪查.針對我提的案件他們調查到加班費跟休假問題不符勞基法規定.他們說是對店家做開罰.事實上是否有開罰不知道他們叫我去申請調解.我現在就在準備資料.資料齊了我就去申請.現在勞工局部份還沒給我一個函.之前共事過的同事.她也是前三個月沒保勞健保.還有她離職前被扣所謂全勤4000多元.而她短少9952元也被扣.短少部份老闆未幫她調查清楚那裡出問題就將資料送回總公司.公司部份我們只有簽薪資所得申報表的表格.那位同事不像我會計帳跟將領的薪存進銀行.這樣就有資料可以核對.