大陸地區客戶付款稅制問題 - 會計

大家好！
我最近與大陸客戶做生意時遇到一個狀況
因為我實在不知道該怎麼解決，自己也不是很懂財務會計這一塊，想上來請教各位高手

事情是這樣的：
我們部門是提供售後服務的性質，所以當時客戶提醒我，這種狀況在付款時大陸官方會收取8-9%的手續費，因此請我更新報價單，加個10%在final price 上
最近對方付款了，於是必須做銷貨
但是我們會計告訴我，我們只收到940.58USD，被扣了美金49.42。因為PO金額是美金990，因此她堅持我們短收了，與訂單金額對不起來。
於是她想麻煩客戶修改PO，或是開折讓給我們。
但是其實客戶根本沒有少付錢，因為那10%其實是稅金的扣打，實際也沒扣那麼多，要開折讓的應該是我們，對吧？且都走到付款這一步，要客戶更改訂單根本就強人所難，客戶也說如果開折讓我們也必須退他錢。
於是就這樣僵持不下，昨天我請客戶提供付款證明與大陸地區代扣代繳稅金明細給我，上面顯示代扣代繳稅金328.46人民幣，折合美金49.42，因此他們轉帳940.58美金。
因此其實900元美金是我本來就該收到的，40.58美金是多收到的，但是我的invoice 是開990美金。
我想請教各位，遇到這種狀況，除了上述我司財務說的兩種方式，還有什麼方式可以解決？修改invoice 嗎？還是開折讓給客戶呢？還是以代扣代繳稅金明細證明那是稅金？
不然我們會計一直強調她帳對不起來，到時候會計師查帳會問，但我真的對財務會計這方面不是很了解，但她又不願意與客戶財務溝通，只好請教各位，因為我也很想趕快把這件事給解決，先謝謝大家！
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