扣我薪水 - 加班

上網查了許久有關離職扣薪的部分 我認為我理當站得住腳

但是電話中我的老闆表示他們絕對合法

問題一:

我是正職員工 我上班兩個多月 未滿三個月
但是個人因素所以必須辭職 但是因為在上班之前
有簽署一份合約書 表示必須在離職前三個月告知
否則將扣一個月的薪水 老闆因此扣掉我九月份的薪水 不打算給我

疑惑點:

上網查詢勞基法規定 持續工作滿三個月至一年 才需十日前告知
老闆未依合約書上說明每月5日給薪 並扣我薪水
勞務契約的適用 是否優先於 勞基法


問題二:

老闆於面試時以及合約書上表示會幫我加保勞健保
但是我後來才知道必須工作滿幾個月後他才會幫我保

疑惑點:

關於勞健保的部分 應該是我一工作就應該幫我保
但是他只是在薪資單上註明有幫我申請中
有需要申請這麼久嗎?(從八月工作至今)


問題三:

我的工作並非責任制 當出即說明每日八小時
但是加班從來沒給過加班費(每天至少加班1~3小時)
但是因為工作性質 其實可以補休的時間很有限

疑惑點:
第二十四條（加班工資之計算標準）
雇主延長勞工工作時間者，其延長工作時間之工資依左列標準加給之：
一、延長工作時間在二小時以內者，按平日每小時工資額加給三分之一以上。
二、再延長工作時間在二小時以內者，按平日每小時工資額加給三分之二以上。
三、依第三十二條第三項規定，延長工作時間者，按平日每小時工資額加倍發給之。



請問關於上述三點 我向勞工局提起申訴有效嗎
剛剛打給1999 他說關於問題一 可能是要調解(說真的 我不太想再看到他>"<)
我有跟老闆提出勞務契約規定內容應優於勞基法
否則適用應以勞基法優先 但是他堅持他絕對合法

煩請了解的大大為我解惑 感激不盡

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