公司強制打卡問題請教 - 加班

各位鄉民大家好，因為小妹有些勞資糾紛的相關問題，需要問一些比較懂法律的人來解惑，文長QQ

過程跟發生的事情大概是這樣的：
5/14(一)到公司面試，面試中有提及加班的部分：老闆表示公司規定若要留下加班一定要事先申請，不然不能加班。
一直以為這樣的用意是不想讓員工加班，老闆也有說不希望員工一直加班。（後來才發現工作量非常大）

5/15(三)直接開始上班，上班時間是9:30-18:30。

事情發生在我上班的第三天。
5/17(四)當天晚上我因為工作還未做完待到了將近19點，此時公司會計未經我的同意便跑去打了我的卡，並在打完卡時才說：「以後不能打超過19:00的卡，所以我幫你們打卡了（還有另外一位同事）。」並解釋如果要申請加班費，必須事先通知經理要加班才可以。
當下我便馬上關機直接離開公司，老闆娘在隔天5/18時當著內勤人員共四人的面再說了一次，請我們所有人要在下班時間打卡，不能超過19點，不然若勞檢處來稽查他們會被罰錢。

當下聽到就覺得這公司不能再待了，打算將我的報表完成並在5/21(一)下班後提出離職。
結果5/21(一)的上午，會計拿了大家的卡片，逐一檢查我們有沒有超過時間打卡的紀錄，然後擅自竄改了我同事的打卡紀錄，幫她把有超過的時間都用立可帶塗掉改成準時下班，並要求她在旁邊簽名。我同事當下抗議並直接到勞工局投訴，而我也在Line上表達不滿並提出了即刻離職的要求。
老闆娘中午看到賴就立刻打給我，一直強調公司並沒有做錯，他們是非常守法的一間公司，不斷的合理化自己的行為，順便把竄改打卡記錄這件事推到會計頭上，說是他個人行為。
但我依然無法接受，在5/21(一)晚上用LINE傳訊息提離職，並告知可以再到公司辦離職手續。我也有錄下他們承認自己擅自竄改卡片的對話內容。

提離職後老闆娘傳LINE告知若我及同事5/22(二)不到公司辦理離職手續及交接，就不給我們薪水。
我跟同事先打給1955勞動部諮詢專線，他們表示我們還是去辦理手續對我們才有保障，這樣她不給薪水就可以告公司（事後勞動稽查處說根本就不用回去交接工作內容，也不用辦離職手續因為他們違法在先QQ）

於是我們5/22到公司時先交接工作，我交接了一個多小時，因為老闆什麼都不會，還要問我這個只到職七天的人文件跟資料要怎麼做，有夠浪費我時間的，而且稽查處的人說我根本沒有義務教他做這些。

填妥離職單後，我離職原因就寫：因公司規定需於下班時間打卡，此點並未在面試時說明，個人無法接受。
老闆娘跟會計看到後就跟我大吵，說我不能這樣寫，一來我沒有超時工作，二來我本來就不能申請加班費，為何要這樣寫，會影響到公司權益之類的…..
我說：本來就是事實為何不能寫，且會計未經我同意就打我的卡，隔天你們又宣布以後時間到就要打卡，那我個人無法接受有什麼問題嗎？
會計說：「那我打你卡的時候你為什麼不反應？」
我說：「你都未經我同意敢直接打我卡了，我要說什麼？」
很可惜這段我沒錄下來QQ

後來公司也開立了離職證明給我，我知道可以不簽離職單跟他們拿資遣費，但我並不在意那些錢，我只想去檢舉並讓他們得到應有的制裁。

目前處理階段是已經到勞動稽查處做完筆錄了，暫定6/6會到公司稽查。只是承辦人員有告訴我，我檢舉的這個代打卡行為因為沒有直接證據，辦公室內也無監視器，所以他們如果口頭上打死不承認的話就變成羅生門了。

現在公司那邊聽說是打算不承認，也很有可能會反過來告我們毀謗之類的（我也不太清楚）

以上是這次勞資糾紛的概述，文很長先謝謝看完的人。
我想請問版上各位高手，我沒有任何證據可以直接證明會計代為打卡，他們若不承認也沒輒，因此不罰錢，這樣他可以起訴我嗎？雖然他們也沒有任何證據可以證明我闡述並非事實，但老闆有認識的律師，如果能因此找我麻煩也可以讓他們很快活。


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